Käyttöjärjestelmän ydin eli kernel tulee valmiina Linux-jakelun mukana. Usein ei ole juurikaan hyötyä kääntää ydintä itse, jos vakioydin toimii.

Jos vakioydin ei omassa koneessa toimi tai tarvitaan erikoisominaisuuksia voi oman ytimen tehdä helposti. Vaikeata on valita ytimeen mukaan tulevat ja pois jätettävät osat. Lisäksi pitää muistaa ottaa ytimeen mukaan ne osat, joita tarvitaan juuritiedostojärjestelmän käyttöön siten, että nämä osat eivät ole moduuleina. Useimmiten levyohjain ja tiedostojärjestelmän ajuri pitää olla mukana staattisesti linkattuina. Kopioimalla Debianin käyttämä asetustiedosto mieluiten samaa versiota olevasta ytimestä hakemistosta /boot, esimerkiksi /boot/config-2.6.26-2-686, saadaan hyvä pohja mistä jatkaa muokkausta. Tiedosto kopioidaan siihen hakemistoon johon ytimen lähdekoodit purettiin nimelle .config.

Debian GNU/Linux tarjoaa kernel-package-ohjelmapaketin, jonka avulla ydin Debian-järjestelmään on kätevintä tehdä. Tämän avulla syntyy asennuspaketti, josta ydin voidaan asentaa muihinkin koneisiin. Kannattaa kääntää ydin nopeimmassa koneessaan ja kopioida asennuspaketti siihen koneeseen jossa ydintä tarvitaan. Paketin käyttöohje löytyy tiedostosta /usr/share/doc/kernel-package/README.gz. Kannattaa asentaa myös paketti libncurses5-dev jotta make menuconfig toimii.

Menetellään seuraavasti: